To je naceloma zelo zdrava pasma. Pogosto se pojavlja popkovna kila, ki pa vecine psov ne ovira in je ni potrebno odstraniti. Pojavlja se tudi nekaj dednih bolezni, za kar pa obstajajo DNA oz. klinicni testi, s katerimi dobri vzreditelji testirajo svoje pse že pred izborom paritvene kombinacije: Fanconijev sindrom (okvara ledvic), okvare oci (PRA, PPM), kolcna displazija in hipotiroidizem. Zaradi kratke dlake in celo golih predelov po trebuhu se spomladi in poleti lahko pojavljajo alergije na doloceno travo ali pike insektov, vendar pa pri vecini reakcija mine brez veterinarske pomoci.

Basenji je popolnoma nezahteven kar se tice nege. Ker nima pasjega vonja kopanje prakticno sploh ni potrebno, razen seveda, ce se ne povalja v kakšni svinjariji, kar kljub njegovi splošni cistoci kar rad pocne. Kot pri vseh drugih pasmah je priporocljivo redno cišcenje zob in striženje krempljev.
V casu vecje menjave dlake ga skrtacimo z gumijasto krtaco ali pa še bolj ucinkovito, kar povaljckamo z valjckom za odstranjevanje dlak iz oblacil. Ker nima podlanke, je zelo primeren za alergike, vendar pa ga je zato v zimskem casu potrebno obleci.